本来，
定量PCR仪是为了将样本中微量的DNA模版放大以便研究模版特性，随着研究的深入，要了解样本中基因的表达模式与疾病的关系，就需要了解标本中的DNA原始拷贝数。理论上定量PCR仪试验过程中反应产物是以指数规模增长的，但实际的PCR扩增曲线并不是标准的指数曲线，而是S形曲线——因为随着PCR循环数的增加，扩增规模迅速增大，Taq酶、dNTP、引物，甚至DNA模板等各种PCR要素逐渐不敷需求，PCR的效率降低，产物生成的速度逐渐减缓，终进入平台期。由于各种环境因素的复杂相互作用，不同的PCR反应体系进入平台期的时间和平台期的高低都有很大变化，即使是重复实验，各种条件基本一致，后得到的DNA拷贝数也往往不同。因此经过
定量PCR仪扩增的DNA产物量不能反映起始模板量的真实情况。通过传统凝胶电泳EB染色或者同位素标记只能定量PCR的终产物量，而不能定量起始DNA模版的拷贝数。
常用的定量PCR仪荧光标记方法可简单分为两大类：
1.非特异检测——双链DNA内插式荧光染料；
2.扩增序列专一检测——主要指荧光探针和引物探针。荧光染料技术成本低廉，实验设计简便；
而探针杂交技术在原理上严格，所得数据特异性高、更为。在选择实验方案时要根据定量PCR仪实验目的和对数据精度的要求来决定。
非特异性检测扩增序列的代表是荧光染料。只与DNA双链结合，插入DNA双链时发出荧光；DNA双链解链时释放出来，荧光信号急剧减弱。在一个加入过量荧光染料的体系内，其信号强度代表了双链DNA分子的数量。荧光染料法定量PCR的基本过程是：开始反应，当染料与DNA双链结合时发出荧光。DNA变性时，染料释放出来，荧光急剧减少。在聚合延伸完成后，染料与双链产物结合，定量定量PCR仪系统检测到荧光的净增量加大。I的大吸收波长约为497nm，发射波长大约为520nm。
定量PCR仪荧光染料的优势在于能监测各种双链DNA序列的扩增，无需设计探针，检测简单简便，成本低廉。然而正是由于荧光染料能和任何dsDNA结合，对DNA模板没有选择性，因此它也能与非特异的dsDNA（如引物二聚体）结合，使实验容易产生假阳性信号，引物二聚体的问题目前可以用带有熔解曲线分析的软件加以解决。要想用荧光染料法得到比较好的定量结果，对定量PCR仪引物设计的特异性和PCR反应的质量要求就比较高。
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