荧光定量PCR仪厂家分析PCR扩增各种模板的引物设计难度不一。有的模板本身条件比较困难,例如GC含量偏高或偏低,导致找不到各种指标都十分合适的引物;在用作克隆目的的PCR因为产物序列相对固定,引物设计的选择自由度较低。在这种情况只能退而求其次,尽量去满足条件。
PCR扩增出现非特异性扩增带:
荧光定量PCR仪的PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现特异性扩增带与非特异性扩增带。非特异性条带的出现,其原因:
引物与靶序列不*互补、或引物聚合形成二聚体;
Mg2+离子浓度过高、退火温度过低,及PCR循环次数过多有关;
酶的质和量,往往一些来源的酶易出现非特异条带而另一来源的酶则不出现,酶量过多有时也会出现非特异性扩增。
对策:必要时重新设计引物;减低酶量或调换另一来源的酶;降低引物量,适当增加模板量,减少循环次数;适当提高退火温度或采用二温度点法。
PCR扩增出现片状拖带或涂抹带:
PCR扩增有时出现涂抹带或片状带或地毯样带。其原因往往由于酶量过多或酶的质量差,dNTP浓度过高,Mg2+浓度过高,退火温度过低,循环次数过多引起。其对策有:减少酶量,或调换另一来源的酶;减少dNTP的浓度;适当降低Mg2+浓度;增加模板量,减少循环次数。